Náplní práce ústavu je základní výzkum v oblastech organické chemie, biochemie a příbuzných disciplínách, převážně orientovaný k aplikacím v lékařství a životním prostředí. Ústav se podílí na vzdělávání na universitní úrovni, vedení diplomových a doktorských prací a je sídlem komise pro obhajoby doktorských disertací v oboru organická a bioorganická chemie.